Выделить "зелёные" паузы, нажать Delete (или Entf - если клавиатура немецкая ).

На всех "общих" паузах можно оставить только "синие" - Sibelius в этом смысле лойялен и рассматривает удалённые таким образом паузы как скрытые.

Можно, конечно, эти паузы просто скрыть, но тогда оставшиеся паузы не встанут автоматически по центру.